Separata dalle altre navate da una serie di tre possenti colonne in arenaria per lato (tutte a base poligonale, ma con le centrali che si sviluppano con forma conica troncata - foto 2), la navata centrale appare subito essere sproporzionata rispetto all'estensione del transetto. Sul perché di tale disarmonia gli storici affermano che è dovuta alla modifica del progetto originario, dal quale - per mancanza di fondi - venne eliminata una della arcate, che avrebbe portato questa parte del tempio a sporgere sull'estensione dell'attuale gradinata esterna.

In qualche modo si pose rimedio a tale riduzione aggiungendo in seguito il pronao, anche se l'interno è rimasto comunque immutato.

Si noti come la parte centrale del tempio, per quanto corta, risulti comunque spaziosa (foto 3), nonostante il presbiterio sorga al centro dell'incrocio tra navata e transetto. 

Nella foto 7 abbiamo voluto riprendere un dettaglio della colonna conica, ripresa proprio nel punto dal quale si sviluppa.

La navata centrale inizia dalla bussola d'ingresso, sopra la quale è stato realizzato un imponente loggione che ospita l'antico organo, e si conclude di fatto ai piedi del presbiterio. Qui una lastra in marmo ricopre l'ingresso alle catacombe, dove sono sepolti molti dei vescovi deceduti ad Alghero durante l'espletamento del loro mandato.